home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Celestin Apprentice 5 / Apprentice-Release5.iso / Source Code / Libraries / DCLAP 6d / dclap6d / SeqPups / apps / spup-updates.txt < prev   
Text File  |  1996-07-05  |  5KB  |  142 lines
  1. // spup-updates.txt
  2. // seqpup v 0.5a
  3.  
  4. fixed Save file in place -- now saves in proper folder, not in
  5. seqpup folder
  6.  
  7. improved seqpup folder path finding 
  8.         - MacOS: now should always find :tables:, :apps: if they exist
  9.           w/in SeqPup folder, and prefs paths are relative
  10.           (e.g., apps=apps, tables=tables  in .prefs)
  11.       - UnixOS: now can 'setenv SEQPUPHOME  /path/to/seqpup/folder'
  12.       - MSDOS : ditto with 'setenv SEQPUPHOME c:\path\to\seqpup'
  13.         NOTE: must use "APPNAME"HOME, so if you change name of SeqPup
  14.         to PeekUp, you need to change env var to PEEKUPHOME.
  15.         
  16. added click-top-index-line to select sequence columns
  17.   
  18. added mask-to-selection, selection-to-mask commands -- mask-to-
  19.   selection is not yet useful because base DTableView selection
  20.   methods need to be rewritten to allow disjoint selections.
  21.   
  22. added seq-index display -- lists base number that mouse pointer is at
  23.  
  24. added mac file bundle rez & finder-open, finder-print 
  25.    -- needs double check
  26.  
  27. added save of pretty print in PICT format (mac),
  28.    metafile (mswin - still buggy?!)
  29.  
  30. added variable position grey coloring in align display
  31.  
  32. added mswin/xwin sticky menubar window
  33. fixed mswin mouse-shift commands
  34. added mswin menu command keys
  35. fixed mac/mswin text edit command keys: cut/copy/paste
  36.  
  37. many updates to mswin version for micsoft win32/winnt/win95
  38.  
  39. updated fastdnaml app to version 1.1.1
  40.  
  41. added configurable child-app launch parameters
  42.   -- dialogs in HTML.form format
  43.   -- needs more work
  44.  
  45. added dna distance/similarity matrix function
  46.  
  47. added child apps: DeSoete's LSADT, Felsenstein's DrawTree & DrawGram
  48.  
  49. fixed bomb during cut/copy of pretty print view
  50.  
  51. fixed - cut/clear last seq in list, can't select new last seq (can see it)
  52.  
  53. fixed - scroll multi-align view w/ arrow when in Edit bases mode
  54.         leads to overlapped draw of bases.
  55.  
  56. fixed - crash & failure when use Find w/ Edit bases mode 
  57.  
  58.  
  59.  
  60. in progress
  61. ------------
  62.  
  63. add network "child-apps" - e.g., call apps on remote (Unix)
  64. computer w/ sequence inputs and get results returned, esp. w/ GCG and like
  65. useful apps
  66.   >> can do some of this; need persistence on client; bopper delete & other;
  67.      problems w/ tcp failures; need to handle gcg graphics;
  68.      
  69. add disjoint selections to DTableView -- need for copy/paste among
  70.   masks (using table selection as clipboard for masks)
  71.   >> see seq selections when disjoint mask is front view -- not yet right
  72.   
  73. add/improve max. sequence length to be handled, from kilobases to megabases
  74.   (target is 10MB sequences) -- ? use disk caching of seq. segments
  75.      >> can now open about 300KB up from about 30KB...
  76.  
  77.  
  78. todo
  79. -----------
  80.  
  81. fix child app results - repeated runs sometimes will reopen old output files!
  82.  - unix: fastdnaml fails to return results after 1st run?
  83.  
  84. add undo for edit text in aln window
  85.  
  86. fix mswin edit align text 
  87.  
  88. fix mswin edits - mswin toolbox limiting to 255 chars !@
  89.  
  90. fix mswin rich text display (bombs on scroll of HELP doc !!)
  91.  
  92. fix seqprint - writeto text or pict (only pict now??)
  93.  
  94. add consensus for aminos (only for nucs now)
  95.  
  96. add sequence documentation options (user additions + save current
  97. genbank/embl/etc docs)
  98.  
  99. improve seq mask operations and usage
  100.   - annotate masks, choose which are used for pretty print, which for
  101.     align view
  102.   
  103. debug mswin save tableview picture as win metafile format (?)
  104.  
  105.  
  106. add other child apps - primer analysis, others ??
  107.  
  108. add user-configurable menus - read all menus from config file?
  109.  
  110. add dialogs for configuring child-apps? (current html.form is now
  111.   a widespread syntax).
  112.   
  113. add variable color display in alignment window, as aids to aligning:
  114.   done/1. color change as alignment improves/worsens  
  115.   2. mask colors (e.g., stem & loop areas for RNA)
  116.   
  117. add color picker dialog for color tables
  118.  
  119. add editable data table interface
  120.  
  121. add name window pane resizer
  122.  
  123. fix DAlnEditCommand to handle cut/copy/paste of selected block within
  124.     alignview (now only does full rows, selected alnindex)
  125.  
  126. add/create new main app for base calling from API/other traces, and
  127. sequence assembly? - use autoseq.C (Reece Hart    (reece@ibc.wustl.edu)) 
  128. as ? extern-app or build into program? -- want to display traces +
  129. called bases and allow user to edit bases...
  130.  
  131. add ORF maps, R.E. Maps, other items for sequence assembly validation?
  132.  
  133. add seq Annotation/Feature handling (part of seq documentaion handling), and
  134. highlighting of bases by features.
  135.  
  136. add basic HTTP/HTML forms processing for simple cli/server dialogs
  137. -- will want to hand off most result html docs to alt. viewer
  138.  
  139. add user-configurable menus - read all menus from config file?
  140. add user-configurable dialogs - convert most to html forms?
  141.  
  142.